Được sự chỉ đạo trực tiếp của Bộ Chính trị, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã chuyển sang xây dựng kế hoạch kinh tế thời chiến ở Miền Bắc, kế hoạch tuyển quân và kế hoạch hậu cần cho Miền Nam. Chủ trương kinh tế lúc này là tập trung vào các công trình phục vụ chiến đấu như cầu, đường, hầm, kho tàng, cơ sở phân tán; sơ tán các cơ sở kinh tế, trường học, bệnh viện, viện nghiên cứu... về nơi an toàn. Trong kế hoạch, chú trọng tới phát triển công nghiệp địa phương, các ngành sản xuất hàng tiêu dùng và hậu cần cho mặt trận. Hình thức kế hoạch hóa chủ yếu là kế hoạch ngắn hạn, gồm kế hoạch năm, kế hoạch quý và vào lúc cao điểm của chiến tranh, đã phải áp dụng hình thức kế hoạch tháng để điều hành kinh tế, nhất là trong lĩnh vực giao thông vận tải và kế hoạch tuyển quân, hậu cần.
Các kế hoạch ngắn hạn 1969-1972, 1973-1975 đã tập trung vào nhiệm vụ cơ bản là phục hồi kinh tế Miền Bắc sau mỗi giai đoạn chiến tranh phá hoại. Đồng thời, cũng đã tiếp tục thực hiện kế hoạch tranh thủ sự viện trợ, giúp đỡ của các nước bạn để triển khai nghiên cứu một số dự án lớn sẽ được xây dựng sau chiến tranh như Thủy điện Hòa Bình, mỏ Apatit - Lao Cai, nhà máy Diezel Sông Công, nhà máy xi măng Bỉm Sơn, quy hoạch các đô thị và các khu công nghiệp bị chiến tranh tàn phá như Hòn Gai, Vinh, một loạt các nhà máy cơ khí và các mỏ than... Ngành kế hoạch cũng tham gia tích cực vào xây dựng kế hoạch chi viện cho cuộc chiến đấu giải phóng hoàn toàn Miền Nam, thống nhất đất nước.
Nhìn tổng quát lại thời kỳ 1966-1975, công tác kế hoạch đã đạt được nhiều kết quả phục vụ cho mục tiêu chiến lược của thời kỳ này là giải phóng Miền Nam, thống nhất đất nước. Tuy nhiên, chiến tranh đã làm ảnh hưởng đến quá trình phát triển của đất nước, nền kinh tế cũng bị phân tán và kém hiệu quả, ảnh hưởng lớn đến các kế hoạch phát triển kinh tế tiếp theo. Cũng trong thời gian này, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã bắt tay vào xây dựng các kế hoạch dài hạn hơn như kế hoạch khôi phục và phát triển kinh tế 1969-1980, được điều chỉnh lại thành kế hoạch khôi phục và phát triển kinh tế 1973-1975 sau Hiệp định Paris.