Kế hoạch 5 năm lần thứ 4 (1986-1990) được Ủy ban Kế hoạch Nhà nước tổ chức nghiên cứu ngay từ năm 1982 bằng việc thành lập và tổ chức lại công tác kế hoạch hóa dài hạn trong nội bộ cơ quan. Tháng 4 năm 1986, trước Đại hội Đảng lần thứ VI, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã trình Thường vụ Hội đồng Bộ trưởng báo cáo "Tư tưởng chỉ đạo xây dựng kế hoạch 5 năm 1986-1990". Báo cáo đã đánh giá toàn diện việc thực hiện kế hoạch 5 năm 1981-1985, đồng thời xác định những nội dung, nhiệm vụ chủ yếu của kế hoạch 5 năm 1986-1990 là: ổn định và cải thiện một bước đời sống vật chất và văn hoá của nhân dân; đồng bộ hóa sản xuất và tăng cường một bước cơ sở vật chất kỹ thuật; xây dựng và củng cố quan hệ sản xuất mới XHCN, sử dụng tốt các thành phần kinh tế khác, hình thành cơ chế quản lý mới; và bảo đảm nhu cầu củng cố quốc phòng, an ninh trong tình hình mới.
Tháng 12 năm 1986, Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI đã họp và thông qua chương trình đổi mới kinh tế toàn diện theo ba hướng chính: Một là, chuyển đổi từ chính sách đơn thành phần sở hữu sang nền kinh tế nhiều thành phần với sự tồn tại của nhiều hình thức sở hữu nhằm phát triển sản xuất và nâng cao hiệu quả của nền kinh tế; Hai là, chuyển từ cơ chế Nhà nước trực tiếp điều khiển các hoạt động của nền kinh tế bằng kế hoạch pháp lệnh, gắn với cơ chế bao cấp, sang cơ chế kinh tế thị trường với sự quản lý của Nhà nước ở tầm vĩ mô, bảo đảm quyền tự chủ kinh doanh của từng doanh nghiệp; Ba là, chuyển từ kinh tế mang nặng tính tự cung, tự cấp sang kinh tế mở cửa với thế giới bên ngoài.
Quán triệt các quan điểm đổi mới của Đại hội Đảng, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã triển khai cụ thể hóa thành các kế hoạch và chương trình hành động, trong đó nổi bật là ba chương trình kinh tế lớn: chương trình lương thực, chương trình hàng tiêu dùng và chương trình xuất khẩu. Nền kinh tế đã thu được một số thành tựu đáng khích lệ như sản lượng lương thực đã đủ ăn, có dự trữ và còn có phần để xuất khẩu, kim ngạch xuất khẩu tăng gấp 2 lần hơn so với kế hoạch 5 năm trước, bước đầu đã giải phóng được lực lượng sản xuất xã hội, động viên nhân dân tích cực tham gia vào sản xuất kinh doanh, các mặt xã hội và đời sống dân cư có nhiều tiến bộ.
Công tác kế hoạch hóa cũng được đổi mới cơ bản trong kế hoạch 5 năm này. Sau Nghị quyết 217/HĐBT tháng 11-1987 giao quyền tự chủ cho các xí nghiệp quốc doanh, số chỉ tiêu pháp lệnh giảm xuống còn 1 hoặc 2, giảm mạnh bao cấp bù lỗ vốn kinh doanh cho các xí nghiệp và bù lỗ tiêu dùng qua giá, chuyền dần cấp phát ngân sách cho đầu tư sang tín dụng. Trong nông nghiệp, Nghị quyết 10 (khoán 10 năm 1988) của Bộ Chính trị đã nhanh chóng đi vào cuộc sống. Các thành phần kinh tế ngoài quốc doanh khác dần dần được thừa nhận và hợp thức hóa bằng pháp luật.
Nhìn chung, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã thực hiện tốt chức năng tham mưu cho Đảng và Nhà nước trong quá trình đổi mới tư duy kinh tế, góp phần thực hiện thắng lợi kế hoạch 5 năm 1986-1990, bước đầu tạo được niềm tin trong xã hội, chuẩn bị những tiền đề cho quá trình đổi mới tiếp theo.
Kế hoạch 5 năm lần thứ 5 (1991-1995) được Ủy Ban Kế hoạch Nhà nước tổ chức nghiên cứu từ đầu năm 1989, với việc hình thành các tổ nghiên cứu chuyên đề đánh giá sâu rộng quá trình đổi mới 1986-1990 và dự báo tình hình trong nước và quốc tế. Trên cơ sở Cương lĩnh chính trị, Chiến lược ổn định và phát triển kinh tế - xã hội đến năm 2000 do Đại hội Đảng lần thứ VII thông qua, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã trình các cấp lãnh đạo kế hoạch 5 năm 1991-1995 với mục tiêu tổng quát là: ổn định tình hình kinh tế - xã hội và chính trị, sớm thoát ra khỏi tỉnh trạng khủng hoảng và lạm phát, tạo tiền đề đẩy nhanh sự phát triển trong giai đoạn tiếp theo.
Những nhiệm vụ cụ thể của kế hoạch 5 năm này là thực hiện những biện pháp có hiệu quả để đẩy lùi lạm phát ở mức dưới 2 con số vào năm 1995; đưa nền kinh tế đi vào thế ổn định và có tốc độ tăng trưởng nhất định; tiếp tục xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật, đầu tư theo chiều sâu, hiện đại hóa các cơ sở kinh tế, nhất là các cơ sở làm hàng xuất khẩu; và tiếp tục đổi mới một cách đồng bộ cơ chế quản lý Nhà nước và cơ chế quản lý sản xuất kinh doanh, chuyển hẳn sang cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước bằng pháp luật, kế hoạch, chính sách và các công cụ khác.
Cùng với chuẩn bị kế hoạch 5 năm, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã tham gia xây dựng và tổng hợp 13 chương trình mục tiêu: chống lạm phát, phát triển lương thực, chăn nuôi và chế biến thịt xuất khẩu, phát triển một số cây công nghiệp, trồng rừng, phát triển điện năng, giải quyết việc làm, đổi mới kinh tế quốc doanh, phát triển kinh tế xã hội miền núi, nâng cao chất lượng giáo dục đào tạo, chương trình y tế, danh mục các công trình khoa học và công nghệ bao gồm 30 chương trình khoa học và công nghệ quốc gia, và cải cách hệ thống hành chính nhà nước.
Công tác của Ủy ban Kế hoạch Nhà nước đã từng bước được đổi mới theo phương hướng chung của nền kinh tế, nhất là tập trung vào tăng cường kế hoạch hóa vĩ mô, tiếp tục chuyển từ kế hoạch hóa tập trung sang kế hoạch hóa định hướng, bảo đảm những cân đối tổng thể cơ bản của nền kinh tế. Kế hoạch Nhà nước bao gồm cả các chương trình và dự án đầu tư để đảm bảo các điều kiện thực hiện các mục tiêu lớn, đi đôi với sử dụng các chính sách đòn bày kinh tế là chính để hướng dẫn và hỗ trợ các ngành, các địa phương và các đơn vị cơ sở phát triển theo định hướng kế hoạch.
Bên cạnh những công tác trên, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước tiếp tục triển khai nghiên cứu quy hoạch vùng lãnh thổ, vùng kinh tế trọng điểm, dự thảo chính sách, pháp luật về kinh tế, chủ trì dự thảo luật doanh nghiệp Nhà nước, luật khuyến khích đầu tư trong nước, và tham gia xây dựng nhiều văn bản pháp luật khác. Hoạt động của các Vụ, Viện trong ủy ban đã chuyển dần sang nghiên cứu các chuyên đề, dự án phân tích...
Trong thời gian này, Ủy Ban Kế hoạch Nhà nước đã chủ trì nghiên cứu để trình các cơ quan Lãnh đạo Đảng và Nhà nước và trình Đại hội lần thứ VII của Đảng về Chiến lược ổn định và phát triển kinh tế - xã hội 10 năm 1991-2000.
Kế hoạch 5 năm lần thứ 6 (1996-2000): Trong các năm 1994-1995, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước vừa tập trung xây dựng, chỉ đạo thực hiện các kế hoạch Nhà nước năm 1994, 1995 và kế hoạch 5 năm 1991-1995, vừa tích cực chuẩn bị xây dựng kế hoạch 5 năm 1996-2000. Việc xây dựng kế hoạch 5 năm 1996-2000 diễn ra trong bối cảnh nền kinh tế đang phát triển mạnh nhưng cũng đầy phức tạp. Một mặt, Bộ Kế hoạch và Đầu tư lúc này đã hợp nhất giữa Ủy Ban Kế hoạch Nhà nước và Ủy Ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư đã tiến hành nghiên cứu tổng kết 10 năm đổi mới cơ chế chính sách 1986-1995, và 5 năm thực hiện kế hoạch 1991-1995, để rút ra những bài học kinh nghiệm trong công tác chỉ đạo, điều hành, quản lý và đổi mới cơ chế chính sách, chuyển dịch cơ cấu... Mặt khác tiến hành các dự báo về khả năng phát triển, xây dựng các mục tiêu và hệ thống các giải pháp thực hiện mục tiêu. Theo Nghị định 20-CP, Bộ Kế hoạch và Đầu tư còn là cơ quan đầu mối quản lý và điều phối nguồn vốn ODA nên Bộ đã tiến hành nghiên cứu tổng kết công tác này, đồng thời tổ chức nhiều hội nghị quốc tế để phân tích khả năng viện trợ ODA trong thời gian kế hoạch tới.
Bộ đã hình thành được các đề án phát triển từng ngành, từng địa phương, từng vùng lãnh thổ, và trên cơ sở đó, đã xây dựng được kế hoạch phát triển kinh tế xã hội 5 năm 1996-2000 trình các cấp lãnh đạo và báo cáo cho các ngành, các địa phương để có căn cứ xây dựng kế hoạch và chuẩn bị tốt cho Đại hội lần thứ VIII của Đảng.
Mục tiêu tổng quát của kế hoạch 5 năm 1996-2000 là khai thác và sử dụng tốt các nguồn lực phát triển để đạt tốc độ tăng trưởng cao hơn thời kỳ 1991-1995, kết hợp hài hòa giữa tăng trưởng kinh tế với giải quyết những vấn đề bức xúc về mặt xã hội; chuẩn bị tích cực các tiền đề cần thiết cho giai đoạn phát triển cao hơn sau năm 2000.
Các mục tiêu của Chiến lược 10 năm 1991-2000 được Đại hội lần thứ VII của Đảng thông qua đã cơ bản hoàn thành, các chỉ tiêu kinh tế, xã hội đều đạt và vượt nhiệm vụ đề ra.
Cùng với chuẩn bị kế hoạch 5 năm, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã hoàn thành nhiều báo cáo kinh tế khác phục vụ Đại hội lần thứ VIII của Đảng; hoàn thành quy hoạch tổng thể phát triển công nghiệp và kết cấu hạ tầng của cả nước, một số ngành quan trọng, các vùng kinh tế trọng điểm và các vùng lớn trong cả nước; thực hiện đổi mới cơ bản và toàn diện cơ chế kế hoạch hóa; xây dựng chương trình tổng thể đổi mới cơ chế quản lý; hình thành các chương trình, dự án đầu tư phát triển đến năm 2010 và 2020, kể các dự án kêu gọi vốn đầu tư nước ngoài.
Trong giai đoạn từ 1997 đến năm 1999, do tác động của khủng hoảng kinh tế - tài chính khu vực, cùng với thiên tai nghiêm trọng liên tiếp xảy ra, trong bối cảnh đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì chuẩn bị đề án trình Hội nghị Trung ương 4 khóa VIII ra Nghị quyết quan trọng về kinh tế để thích ứng với tình hình mới. Đồng thời Bộ duy trì việc đề xuất báo cáo tình hình kinh tế xã hội hàng tháng và các giải pháp xử lý trình Chính phủ trong các phiên họp hàng tháng và hàng quý có báo cáo Bộ chính trị về tình hình kinh tế, xã hội và đã đề xuất những biện pháp tình thế nhằm ổn định nền kinh tế, chủ trương kích cầu đầu tư và tiêu dùng, các giải pháp 6 tháng cuối năm (Nghị quyết 08CP/1998/NQ-CP, Nghị quyết 08/1999/NQ-CP và Nghị quyết 11CP/2000/NQ-CP) nhằm từng bước tháo gỡ khó khăn vượt qua thách thức, chặn đà giảm sút, duy trì được nhịp độ tăng trưởng GDP ở mức cao nhất có thể đạt được; công cuộc phát triển kinh tế, xã hội 5 năm 1996-2000 tiếp tục đạt được những thành tựu quan trọng.
Thực tế chứng minh rằng, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có vai trò rất to lớn trong việc chuẩn bị các cơ chế, chính sách, bao gồm cả Luật (Luật Doanh nghiệp nhà nước, Luật Hợp tác xã, Luật Đầu tư nước ngoài, Luật Phá sản, v.v...), đặc biệt gần đây nhất là Luật Doanh nghiệp.